En France, au cours de cette année 1943, d’importantes vagues d’arrestations se déchaînent contre les combattants de la section juive de la M.O.I..
À Paris, trois grandes filatures vont pister les Juifs de la Main-d’Œuvre Immigrée de mars à novembre 1943. Les Brigades spéciales des Renseignements Généraux, forces de répression policière française créées dès mars 1940, sont les ordonnatrices de ces traques meurtrières.
La première filature a pour cible, en mars 1943, l’organisation politique de la jeunesse communiste juive qui compte près de 200 membres dans Paris et sa banlieue. Elle aboutit à l’arrestation et à la déportation de l’essentiel de ses militants. Parmi les 57 jeunes arrêtés et déportés à Auschwitz, 7 seulement survivront dont Henri Krasucki, Paulette Szlifke (ou Sliwka puis Sarcey) et Roger Trugnan.
De mars à juin 1943, les Brigades spéciales lancent leur grande filature numéro 2. Sur 150 militants filés, 77 sont arrêtés, torturés, exécutés ou déportés. Cette deuxième filature s’achève par l’anéantissement du deuxième détachement FTP-M.O.I., exclusivement juif, en juin 1943. L’organisation politique de la section juive de la M.O.I. est dévastée.
La troisième filature s’attaque, principalement, à des groupes très actifs, à l’origine d’une série d’actions contre l’occupant nazi. Le 17 mars 1943, un grenadage attaque un groupe de soldats allemands à Levallois-Perret. Le 28 septembre 1943, Julius Ritter, officier SS, responsable du STO en France, est exécuté en plein Paris. L’opération, organisée par Christina Boïco, responsable du service de renseignement des FTP-M.O.I., est préparée par Missak Manouchian et menée par une équipe composée de Léo Kneler, Marcel Rayman et Celestino Alfonso. Les deux derniers sont arrêtés en novembre au cours de cette filature.
La traque cible également Missak Manouchian commissaire militaire FTP-M.O.I. de la région parisienne, arrêté le 16 novembre 1943, en même temps que Joseph Epstein, responsable de l’ensemble des FTP parisiens.
Pendant le mois de novembre 1943,68 FTP-M.O.I. sont arrêtés dont 45 sont déportés en Allemagne. Boris Holban reprend la direction de la branche armée FTP-M.O.I. en décembre.
En février 1944, sur les murs de Paris, la propagande nazie fait placarder l’Affiche rouge, couleur de sang. Les résistants ciblés par la 3ème filature y sont présentés par les nazis et le gouvernement de Vichy, comme des activistes de l’ « armée du crime ». Manouchian est considéré comme le chef de ce groupe. En fait, les résistants qui l’entourent sur l’affiche sont issus de plusieurs détachements FTP-M.O.I. Le régime de Vichy et le service de propagande allemand ont choisi, parmi 23 FTP du groupe, les photos de dix combattants. Sur ces 10 résistants étrangers, 7 sont Juifs, originaires d’Europe de l’Est et désignés comme des assassins.
Les trois filatures aboutissent à l’arrestation de 196 résistants, parmi lesquels 21 femmes, et au démantèlement meurtrier des FTP-M.O.I. Le 21 février 1944,22 membres du groupe Manouchian sont exécutés au Mont-Valérien près de Paris après une mascarade de procès.
« Pourquoi ils luttent, pourquoi ils meurent », dans un tract diffusé en mars 1944 l’UJRE résume la position des Juifs de la M.O.I. : participer au combat aux côtés du peuple français.