Une Police aux questions juives (PQJ) est instituée à la mi-octobre en zone occupée et en zone dite libre. Dès la fin octobre 1941, elle appréhende plusieurs membres des Bataillons de la Jeunesse, dont quelques jeunes Juifs.
De nouvelles lois, en novembre 1941, restreignent davantage l’accès des Juifs aux emplois. Le 27 novembre, tous les parlementaires juifs, quelle que soit leur appartenance politique, sont déchus de leur fonction (les communistes l’ayant déjà été en 1940).
La campagne d’État anti-juive se répand avec la poursuite de l’exposition « Le Juif et la France » inaugurée en septembre.
En réponse, le Parti communiste publie, en novembre 1941, une brochure clandestine, diffusée à des milliers d’exemplaires, « L’antisémitisme, le racisme, le problème juif », rédigée par Louis Gronowski, responsable national de la M.O.I. En novembre, les attentats contre les Allemands se multiplient. De nouvelles mesures vont être prises à l’encontre des Juifs.
Sur ordre des Allemands, l’Union Générale des Israélites de France, (UGIF), est fondée le 29 novembre 1941. Des Juifs français sont nommés à sa direction.
Xavier Vallat, antisémite notoire, supervise cet organisme contrôlé par le Commissariat général aux questions juives créé quelques mois plus tôt par le gouvernement de Vichy.
Tous les biens des organisations juives sont automatiquement transférés à l’UGIF.
Tandis qu’un deuxième fichier des Juifs est établi par l’administration collaborationniste, l’Union Générale des Israélites de France élabore son propre recensement des Juifs qui réclament son assistance. En fait, l’UGIF choisit de pratiquer une stratégie du moindre mal qui consiste, estime-t-elle, à donner des gages à l’occupant et à sacrifier les Juifs étrangers pour protéger les Juifs français…
Pour les Allemands, il s’agit de mettre tous les Juifs sous surveillance et de les faire participer à leur propre extermination.
D’emblée, la section juive clandestine de la M.O.I. préconise l’engagement dans la clandestinité et l’action de défense. Elle accuse l’UGIF de « préparer le terrain à l’isolement des masses juives dans un ghetto ».
Dès le début 1941, les trois structures encore légales de la section juive de la M.O.I., le dispensaire, dirigé par Alfred Grant, les cantines populaires et Arbeter Orden (la société de secours mutuel) avaient déjà cessé leur activité. La section juive souhaitait éviter toute compromission avec l’occupant et redoutait d’éventuels pièges à arrestations.
Certains Juifs, extérieurs à la M.O.I., entrevoient le projet des nazis. Ils rejoignent alors ses organisations de Résistance comme « Solidarité » ou l’Union des Femmes Juives. D’autres organisations juives, telles l’Œuvre de Secours aux Enfants (OSE) ou les Éclaireurs Israélites de France (EIF), créent des sections clandestines de Résistance au sein à l’UGIF, à l’insu même de sa direction.
